Wahid đã kết hôn với Sinta Nuriyah và có bốn cô con gái: Alissa Qotrunnada Munawaroh, Zannuba Arifah Chafsoh (nổi tiếng là Yenny Wahid), Annita Hayatunnufus, và Inayah Wulandari.[2]

Qua đời

Vào cuối tháng 12 năm 2009, mặc dù tình trạng sức khoẻ yếu kém và một cuộc viếng thăm bệnh viện gần đây, Wahid đã yêu cầu được đưa đến thăm Rembang (nằm ở Trung Java) và Jombang. Trong chuyến đi, tình trạng sức khoẻ của ông xấu đi và Wahid đã được nhập viện tại Jombang vào ngày 24 tháng 12 năm 2009. Ông bị chuyển đến bệnh viện Cipto Mangunkusumo ở Central Jakarta vào ngày hôm sau để được lọc máu.[3] Ông cũng đã được giải phẫu nha khoa vào ngày 28 tháng 12 sau khi phàn nàn về đau răng[4][5][6] Wahid qua đời vào ngày 30 tháng 12 lúc khoảng 6 giờ 45 chiều giờ địa phương (UTC + 7) do các biến chứng từ rối loạn thận, bệnh tim và tiểu đường. Tổng thống Susilo Bambang Yudhoyono đã đến thăm Wahid ngay trước khi ông qua đời.[7][8][9] Một đám tang của nhà nước đã được tổ chức cho Wahid vào ngày 31 tháng 12, và các lá cờ đã bay đến nửa nhân viên trong bảy ngày.[10][11] Ông được chôn bên cạnh ông nội và cha mẹ tại quê hương ông, Jombang, Đông Java.[12]